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Une espèce végétale a besoin de conditions biotiques et abiotiques plus ou moins spécifiques pour son développement. Aussi existe-t-il des groupements végétaux plus ou moins stables en équilibre avec le milieu et caractérisés par une composition floristique déterminée, dans laquelle des espèces révèlent une écologie particulière et autonome (espèces caractéristiques). Etablit par Braun-Blanquet (1915), cette notion d'association permet de distinguer différents habitats sur le territoire du Maine-et-Loire. Ainsi, avec l'aide la base de données Corine Biotope, qui s'intéresse à la classification des habitats dit "naturels"(où l'action de l'homme est censée être relativement faible) et "semi-naturels" voire artificiels (milieux dont l'existence et la pérennité sont essentiellement dues à l'action des activités humaines : friches agricoles, pâturages extensifs, carrières, etc.), a-t-il été possible de déterminer les formations végétales présentes en Maine-et-Loire.
Pour indication, la flore du Maine-et-Loire est constituée d'environ 1730 taxons, ce qui représente environ 28,6 % de la flore française. Plus de 350 taxons sont considérés comme rares, vulnérables ou en dangers en Anjou.
Les zones humides :
Milieu intermédiaire entre milieu terrestre et milieu aquatique, les zones humides sont représentées en Maine-et-Loire par des prairies inondables (Basses Vallées Angevines), des marais (ex.: Montreuil-Juigné), des tourbières (tourbières et étang des Loges), des lacs et étangs, bois humides…. Ces milieux présentent une diversité floristique intéressante et de multiples espèces protégées.
Les prairies inondables accueillent ainsi la Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris L.), espèce emblématique des Basses Vallées Angevines; la Gratiole officinale (Gratiola officinalis L.), l'Inule d'Angleterre (Inula britannica L.), la Stellaire des marais (Stellaria palustris Retz.)… Les tourbières accueillent quant à elles les espèces spectaculaires que sont les plantes carnivores comme la Drosera à feuilles intermédiaires (Drosera intermedia L.); mais aussi l'Osmonde royale (Osmunda regalis L.) et la Parnassie des marais (Parnassia palustris L.)…
Les landes
Les landes sont formées de végétaux ligneux dépassant rarement le stade arbustif. Il existe en Maine-et-Loire des landes calcicoles (ex.:Champigny), silicoles (bois et landes de Louerre/Grézille/St-George-des-sept-voies); des landes humides et sèches. Cette diversité d'habitats permet l'installation de plantes au statut menacé. Ainsi le Genêt d'Angleterre (Genista anglica L.), la Cicendie filiforme(Cicendia filiformis L.) ou la Dabocie cantabrique (Daboecia cantabrica Koch), qui est une espèce à très forte valeur patrimoniale en région armoricaine, sont présentes sur le territoire du Maine-et-Loire.
Les pelouses sèches
Les pelouses sèches sont considérées comme des milieux semi-naturels où se développe une végétation herbacée rase ne dépassant guère 30 cm. Elles sont donc composées essentiellement d'herbacées vivaces, et de très peu d'arbres et arbustes. Ces habitats se forment sur des sols pauvres en éléments nutritifs. Le substrat, calcaire ou siliceux, est très poreux et ne retient pas l'eau.
Pour éviter une fermeture du milieu par les fourrés, les pelouses sèches sont généralement gérées par pastoralisme et par fauche.
En raison d'un éclairement intense et de périodes de sécheresse estivale, les pelouses sèches accueillent une flore spécifique de terrains secs : une flore xérophile. Ainsi rencontre-t-on l'Anémone pulsatile (Pulsatilla vulgaris Mill.), le Brome érigé (Bromus erectus Huds.), et de nombreuses orchidées : l'Orchis verdâtre (Coeloglossum viride Hart.), le Mélampyre à crêtes (Melampyrum cristatum), l'Ophrys litigieuse (Ophrys sphegodes Mill.)…
Bois et forêt
Au début des années 2000, les bois et forêts du Maine-et-Loire occupaient environ 12,7 % du territoire (92 000 ha), ce qui, comparativement à la moyenne nationale (27 %), est très faible. La partie orientale de l'Anjou concentre la majorité des boisements, puisque le taux de boisement du Baugeois et du Saumurois atteint respectivement 19 et 16 %, alors que ce taux oscille entre 5 et 6 % dans les Mauges et le Segréen (Crex, 2008, 10).
Les feuillus sont largement représentés par les chênes indigènes : le Chêne sessile (Quercus petraea) et le Chêne pédonculé (Q. robur). Localement sont présents le Chêne tauzin (Q. pyrenaica) et le Chêne pubescent (Q. humilis). Sont associés aux chênes d'autres essences telles que le Hêtre (Fagus sylvatica) ou le Charme (Carpinus betulus). Les résineux sont principalement le Pin sylvestre (Pinus sylvestris) et le Pin maritime (P. pinaster).
Des espèces végétales de sous-bois menacées se développent également. Ainsi, l'Epipactis sanguine (Epipactis atrorubens) est rare et le Monotrope sucepin (Monotropa hypopitys) en danger en Anjou.